La Junta Estatal Ejecutiva se integra con las personas titulares de las Direcciones Ejecutivas de Prerrogativas y Partidos Políticos; de Organización Electoral; de Educación Cívica y Capacitación Electoral; de Quejas y Denuncias; y de Procedimiento Contencioso Electoral; de Transparencia y Acceso a la Información; y del Servicio Profesional Electoral y de Administración y Finanzas, Contraloría General. La persona titular de la Secretaría Ejecutiva del Instituto también forma parte y es presidida por la persona titular de la Presidencia del Consejo General. En las sesiones de la Junta Estatal Ejecutiva concurren, como invitadas, las personas titulares de las unidades de Archivo, Cómputo y Servicios Informáticos, y de Igualdad de Género y No Discriminación.

De conformidad con lo que establece el artículo 22 de la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales del Estado de Baja California Sur, la Junta Estatal Ejecutiva debe sesionar al menos una vez al mes en sesiones ordinarias; sin embargo, durante los procesos electorales, la Junta Estatal Ejecutiva sesiona de manera regular, reuniéndose en tantas sesiones extraordinarias como se requieran para atender de manera expedita las atribuciones establecidas por la normatividad electoral aplicable.

I. Proponer al Consejo General las políticas y los programas generales del Instituto;

II. Fijar los procedimientos administrativos, conforme a las políticas y programas generales del Instituto;

III. Conocer el cumplimiento de los programas relativos al Registro Federal de Electores;

IV. Supervisar el cumplimiento de las normas aplicables a los Partidos Políticos locales y a las agrupaciones políticas locales, así como las prerrogativas de ambos;

V. Proponer al Consejo General el establecimiento de oficinas municipales, de acuerdo con los estudios que formule y la disponibilidad presupuestal;

VI. Presentar a consideración del Consejo General el proyecto de dictamen de pérdida de registro del Partido Político que se encuentre en los supuestos previstos por la Ley General de Partidos Políticos, a más tardar el último día del mes siguiente a aquél en que concluya el proceso electoral;

VII. Presentar a consideración del Consejo General el proyecto de dictamen de pérdida de registro de la agrupación política que se encuentre en los supuestos previstos por la Ley General de Partidos Políticos;

VIII. Integrar los expedientes relativos a las faltas administrativas en materia electoral y, en su caso, proponer las sanciones, en los términos que establece esta Ley;

IX. Recibir informes de la Contraloría General respecto de los expedientes relativos a las faltas administrativas y, en su caso, sobre la imposición de sanciones a los servidores públicos del Instituto;

X. Aprobar el calendario y el plan integral del proceso electoral y de los procesos electorales extraordinarios que se convoquen, para ser puestos a consideración del Consejo General;

XI. Aprobar la estructura de las direcciones ejecutivas y demás órganos del Instituto conforme a las necesidades del servicio y los recursos presupuestales autorizados; y

XII. Las demás que le encomienden esta Ley, el Reglamento Interior del Instituto, el Consejo General o su presidencia.

Para este Proceso Electoral Local 2023-2024, la Junta Estatal Ejecutiva realizó diversas sesiones y reuniones de trabajo en las que se vieron asuntos relevantes del plan de trabajo y del calendario del proceso electoral, así como también se tomaron decisiones respecto de la contratación de elementos de Recursos Humanos para el desarrollo de las actividades relacionadas con la organización del Proceso Electoral.