El Instituto Estatal Electoral cuenta con órganos centrales y desconcentrados.

Los Órganos Centrales son de carácter permanente; entre ellos se encuentran: un Órgano de Dirección, que es el Consejo General; Órganos Ejecutivos, que son: la Presidencia, la Junta Estatal Ejecutiva, la Secretaría Ejecutiva y la Contraloría General; órganos técnicos, que son las Comisiones Permanentes del Consejo General; Direcciones y Unidades.

Los Órganos Desconcentrados son de carácter temporal y funcionan únicamente durante el Proceso Local Electoral. Entre ellos se encuentran: los Consejos Distritales Electorales, los Consejos Municipales Electorales y las Mesas Directivas de Casilla, que se instalan el día de la Jornada Electoral para la recepción del voto.

El día 6 de septiembre de 2023, el Consejo General del Instituto, mediante acuerdo IEEBCS-CG061-SEPTIEMBRE-2023, ratificó el procedimiento para la integración de los Órganos Desconcentrados del Instituto