El Instituto Estatal Electoral de Baja California Sur es el Organismo Público Local, profesional en su desempeño, autónomo en su funcionamiento e independiente en sus decisiones, dotado de personalidad jurídica y patrimonio propio, a cuyo cargo compete la coordinación, preparación, desarrollo y vigilancia de los procesos electorales para renovar los Poderes Legislativo y Ejecutivo, así como los Ayuntamientos de la entidad. De igual manera, prepara, desarrolla y vigila los procedimientos de referéndum, plebiscito, consulta ciudadana y revocación de mandato en el Estado y los municipios.

En el ejercicio de sus actividades, el Instituto se regirá por los principios de certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, máxima publicidad y objetividad.

El Instituto tiene su residencia permanente en la Ciudad de La Paz, capital del Estado de Baja California Sur, mientras que, durante los procesos electorales, de manera temporal, se instalan a lo largo y ancho de la entidad órganos desconcentrados denominados consejos distritales y consejos municipales.

El Instituto Estatal Electoral se encarga de promover y difundir los principios y valores de la cultura democrática. Por lo que cada tres años organiza procesos electorales en los que se renuevan la integración de los Ayuntamientos y del Congreso del Estado; mientras que cada seis años se renueva el Poder Ejecutivo del Estado. Corresponde a este Instituto, a través de diversas acciones, actividades y decisiones, organizar las contiendas electorales que le permitan a la ciudadanía ejercer su derecho a elegir a sus autoridades y representantes populares.

El Instituto Estatal Electoral elabora, administra y ejercer en forma autónoma su presupuesto de egresos, que envía por conducto del Ejecutivo al Congreso del Estado para su aprobación, incluyendo en este el financiamiento público de los partidos políticos, y estará obligado a presentar su cuenta pública en los términos legales.