El Instituto Estatal Electoral de Baja California Sur, cuenta dentro de su estructura con órganos técnicos denominadas Comisiones, mismas que pueden tener el carácter de permanente o temporal.

Estas Comisiones se integran tres Consejeras o Consejeros Electorales designados por el Consejo General por un periodo de tres años; de los cuales uno será la presidenta o presidente, salvo que la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales del Estado de Baja California Sur contemple una integración diferente; así como por un Secretario Técnico que, en el caso de las comisiones permanentes, será la persona titular del Dirección Ejecutiva o Unidad Técnica correspondiente, o de quien designe el Consejo General, en el caso de las Comisiones Temporales.

Las personas representantes de los partidos políticos pueden participar en las Comisiones con derecho de voz pero sin voto.

COMISIONES PERMANENTES

1. Educación Cívica y Capacitación Electoral
2. Igualdad de Género y No Discriminación
3. Organización Electoral
4. Partidos Políticos, Registro y Prerrogativas
5. Transparencia y Acceso a la Información y del Servicio Profesional Electoral
6. Quejas y Denuncias y de Procedimiento Contencioso Electoral

Los consejeros y consejeras electorales pueden participar hasta en tres comisiones permanentes. Cada comisión tiene un presidente o presidenta que se eligé de entre sus Consejeros integrantes, siendo dicha presidencia rotativa de manera anual.